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淡水魚苗孵化系統主要是為了提高魚苗的孵化率、減少出苗的致畸率等。常見的品種則有泥鰍、桂花魚、生魚、光唇魚等。
孵化系統的常規維持指標包括：溫度、濁度、PH值、溶氧量、微生物含量、微量元素含量等等。不同的品種，孵化的條件不一樣，這就要求客戶要有自己的孵化技術。如果再輔以循環水處理設備，則可大大提高魚卵的孵化率及標粗后的成活率。
因為淡水水源一般較易獲得，所以建議在水源水質較好的情況下，每天保持一定的換水率，以稀釋水中過高的氨氮和亞硝酸鹽。苗池里的水用過濾設備如砂缸等進行循環過濾。在苗池附近，可以修建體量相當的蓄水池。用臭氧機、氣液混合泵、過濾設備一起對蓄水池里的水進行過濾、消毒、增氧處理。經過處理的水再進行澄清沉淀、臭氧分解，再引入苗池使用。
因為臭氧的強力氧化作用，也可以用臭氧與氣液混合泵對蓄水池里的水進行處理。不僅可以殺滅大部分細菌、病毒等有害微生物，還可以使水的濁度降低，增加水中的溶氧量，也能使水中的氨氮被氧化去除。使孵化率提高的同時，也可使幼苗減少發病的機率。
上圖為淡水苗場水處理系統的完整版本，不同的條件，可在此方案的基礎上增刪設備或用其它設備代替。對于長期孵化后再標粗的情況，可去掉臭氧機，改用生物過濾器對水中的氨氮和亞硝酸鹽去除。殺菌改用紫外線殺菌器。恒溫則用空氣能熱泵或冷水機。
泥鰍苗孵化育苗場用到的魚苗孵化桶：
過濾砂缸與空氣能熱泵對苗池的水循環處理：
純氧與臭氧兩用的臭氧機：
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